Kiprah dalam Pemerintahan dan PNI
Setelah bubarnya PPKI pada tanggal 29 Agustus 1945 dan digantikan dengan Komite Nasional Indonesia Pusat, Yap diangkat sebagai anggotanya. Pada Januari 1946, bersama dengan Sukarno dan Hatta, Yap yang sampai saat itu bolak-balik antara Jakarta dan Bandung pindah ke Yogyakarta. Di Yogyakarta, di samping menjadi seorang legislator, Yap menggalang dukungan warga keturunan Tionghoa untuk mendukung Republik Indonesia.
Di Yogyakarta, Yap bergabung ke dalam Partai Nasional Indonesia setelah dipertemukan dengan pimpinan-pimpinannya. Setelah kembali ke Jakarta, Yap dipilih menjadi anggota Dewan Partai PNI (yang kedudukannya sama seperti Dewan Pembina Partai sekarang). Dalam Dewan Partai PNI, Yap mengurus bidang ekonomi, sekali lagi sebagai satu-satunya anggota keturunan asing dalam lembaga partai tersebut.
Dalam struktur PNI inilah Yap menjumpai sebuah paradoks yang menghantuinya sebagai seorang keturunan Tionghoa yang aktif dalam perpolitikan nasional.
Di satu sisi ia merupakan seorang Tionghoa yang tulen– ia bangga dengan warisan budaya Tionghoanya dan seumur hidupnya ia tidak pernah mengganti namanya menjadi ‘nama Indonesia’– namun pada saat yang sama ia juga menjabat sebagai seorang pengurus dalam PNI, sebuah partai yang (menurut pandangan masyarakat dan pandangannya sendiri) cukup bersifat Jawasentris.
Ia sendiri mengakui paradoks ini dalam otobiografinya, saat ia menceritakan ulang perkataan Ketua Umum PNI Sidik Djojosukarto bahwa Yap dapat duduk dalam Dewan Partai karena ia lahir di Jawa dan dapat berbicara dalam bahasa Jawa (hlm 33).
Namun toh, demikian terang Yap, terlepas dari kekurangannya, PNI masih memberikan ruang bagi warga keturunan Tionghoa untuk ikut serta dalam kepengurusan partai dan dalam jabatan pemerintah.
Yap sendiri pernah dicalonkan sebagai menteri oleh PNI, namun ia menolak karena ingin fokus sebagai anggota DPR, sebuah jabatan yang ia duduki dari tahun 1950 sampai 1954. Di dalam DPR, Yap turut mempersiapkan Konferensi Asia-Afrika pada tahun 1955.
Di dalam DPR dan PNI Yap menemukan keindonesiaan yang sesungguhnya dalam kebhinekaan: ia bekerja sama dengan rekan sesama anggota PNI yang berasal dari berbagai etnis dan kepercayaan, juga dengan rekan-rekan dari partai-partai lain yang memiliki pendirian politik yang berbeda dari PNI.
Namun jauh dari perasaan tidak senang, kebhinekaan ini justru dinikmati dengan sepenuh hati oleh Yap sebagai suatu hal yang positif dalam kehidupan berbangsa dan bernegara.
Yap mengundurkan diri dari keanggotaan DPR pada tahun 1954. Konsisten dengan prinsipnya yang memberikan ruang bagi etnis Tionghoa untuk berpartisipasi dalam pemerintahan, kursi DPR yang kosong setelah mundurnya Yap kemudian diisi oleh sesama anggota PNI keturunan Tionghoa, Boen Kin To alias Tony Wen.
