Tapi, benarkah Amir seorang komunis? Amir sendiri memang pernah mengaku secara terbuka bahwa ia seorang komunis. Hal itu diucapkannya akhir Agustus 1948, menjelang meletusnya “Madiun Affair”. Dalam pernyataannya itu, Amir mengatakan bahwa ia sebenarnya sudah menjadi seorang komunis sejak 1935, ketika berada di Surabaya dan masuk menjadi anggota “PKI illegal”.

Tapi, pengakuan itu diragukan kesungguhannya oleh Abu Hanifah, sahabat Amir sejak masa menjadi mahasiswa di Sekolah Tinggi Hukum di Jakarta, pertengahan tahun 1930-an. Dalam sebuah artikel di majalah Prisma, Abu Hanifah menulis:

“….ada kemungkinan Amir turut dengan kurang kesadaran tentang tindakannya. Ia memang dapat diyakinkan sebagai komunis, tapi dalam kehidupannya sehari-hari tidak ada kesan sedikitpun (ia seorang komunis). Bahkan cara hidupnya lebih mirip cara hidup borjuis… Atau mungkin ia seorang aktor besar, yang dapat menyembunyikan perasaan sebenarnya. Tetapi, ketika muda dan amat rapat bergaul dengan saya sampai tahun 1931, ia lebih mirip seorang bohemian, artis, dan kadang-kadang berkelakuan seperti gypsi. Seorang yang penuh emosi, sentimentil, lekas marah, tapi lekas baik, suka ketawa, dan bila sedang memainkan biola menyinarkan sedih dan gembira.

Saya tidak mengatakan, bahwa seorang komunis yang tidak bisa mempunyai sifat-sifat seperti diperlihatkan Amir. Tetapi, sukar melihat Amir sebagai seorang (komunis) Stalinis, seperti diakui dengan keyakinannya itu.”

George McTurnan Kahin, seorang Indonesianis terkemuka yang menulis mahakarya tentang revolusi Indonesia, pernah memberikan kesaksian tentang Amir. Kahin menulis:

“Salah seorang yang paling menarik dari tokoh-tokoh utama itu adalah Amir Sjarifuddin yang diangap sebagai orator yang paling hebat di Republik itu setelah Sukarno, dan sepert yang diterangkan Sukarno kepada saya, merupakan salah seorang tangan kanannya di bidang politik untuk daerah Jawa ketika ia berada dalam pembuangan di Bengkulu.

Walaupun mereka mengecam peranan Amir Sjarifuddin dalam Pemberontakan Madiun, baik Hatta, Sjahrir maupun Sukarno sama-sama bersikeras mengatakan bahwa Amir Sjarifuddin tidak pernah menjadi seorang komunis. Ketiga-tiganya mereka sependapat, yang menyebabkan ia bergabung dengan Muso ialah karena ia sangat kecewa, sebab Amerika tidak memenuhi janjinya, yaitu untuk mendesak Belanda agar melaksanakan kewajiban mereka dalam Persetujuan Renville, yang telah dirundingkannya selaku perdana menteri.”

Soekarno, dalam wawancara pertamanya setelah kembali dari Yogyakarta sebagai Presiden RI pertengahan 1949, menunjuk pada ketaatan-Kristenan Amir seakan ingin mengatakan itu bukanlah komunisme yang murni. Bung Karno menambahkan bahwa Amir hanya punya pilihan untuk mengikuti Moskow karena keputusasannya dalam mencapai kesepakatan dengan Barat.