Batavia meninggalkan Texel, Belanda dalam pelayaran perdananya ke Hindia Timur yang eksotis sebagai kapal utama armada Perusahaan Hindia Timur Belanda (Vereenigde Oostindische Compagnie atau VOC) tahun 1629. Ia dikomandoi oleh salah satu pedagang VOC yang paling berpengalaman, Francisco Pelsaert.
Dalam armada tersebut terdapat tujuh kapal lainnya, Batavia memulai perjalanannya ke Hindia Timur dengan muatan yang berharga. Kapal membawa: Koin perak; Dua barang antik milik seniman Rubens untuk dijual kepada penguasa Mogul India; Blok batu pasir pra-pabrikasi untuk serambi yang akan didirikan sebagai pintu gerbang di kota Batavia – markas baru VOC di Hindia Timur.
Secara resmi, Batavia membawa 341 orang di dalamnya, juga beberapa desersi pada menit-menit terakhir tercatat ikut. Lebih dari dua pertiga adalah perwira dan pria yang berlayar di kapal. Sisanya terdiri dari kira-kira seratus tentara dan, sejauh ini merupakan kelompok terkecil, penumpang sipil yang hendak menuju Hindia Timur. Beberapa penumpang tersebut adalah wanita dan anak-anak – istri pegawai atau pelayan VOC.
Perjalanan dimulai dengan ketidakberuntungan. Badai dahsyat di Laut Utara memisahkan sebagian besar kapal dalam konvoi, dan ketika cuaca lebih tenang kembali, hanya tiga dari tujuh kapal masih dalam satu rombongan yaitu, Batavia, Assendelft, dan Buren.
Titik Balik di Tanjung Harapan
Pelayaran mereka berjalan dengan baik dan konvoi yang terdiri dari tiga kapal mencapai Tanjung Harapan, di ujung selatan Afrika, sebulan lebih cepat dari jadwal. Selama persinggahan inilah ketegangan muncul antara Pelsaert dan kapten kapal Adrian Jacobsz, yang perilaku mabuknya memaksa Pelsaert marah secara terbuka.
Segera setelah meninggalkan Tanjung, kapal-kapal kehilangan satu sama lain, sehingga tinggal Batavia berlayar sendirian.
Selama pelayaran di Samudera Hindia, Pelsaert jatuh sakit parah. Dia terpaksa tetap tinggal di kabinnya, dan ini berdampak buruk pada disiplin kapal. Under-merchant Jeronimus Cornelisz, orang ketiga terpenting di kapal Batavia, yang bersahabat dengan Jacobsz – adalah pasangan pembawa malapetaka.
Kapal karam di Abrolhos
Pada pagi hari tanggal empat Juni 1629, Batavia hancur dan karam di Morning Reef, di (Lat. 28º 29.422S, Long. 113 47.603E). Batavia adalah kapal Belanda pertama yang hilang di lepas pantai barat Australia.
Segera setelah kecelakaan itu, 180 orang – di antaranya 30 wanita dan anak-anak – diangkut dari kapal. Sedangkan sekitar 70 orang tetap berada di kapal, termasuk Jeronimus Cornelisz.
Para penyintas mendarat di Pulau Beacon. Pelsaert, Jacobsz, dan sekitar 40 pria berkemah di Pulau Traitor. Mereka berhasil menyelamatkan beberapa perbekalan dari bangkai kapal, termasuk tong-tong biskuit dan air. Pelsaert bahkan juga mencatat keprihatinannya tentang air minum dalam jurnalnya.
Maka, Panglima Pelsaert, semua perwira senior (kecuali Cornelisz, yang masih berada di bangkai kapal), dan beberapa awak dan penumpang (semuanya 48 orang) meninggalkan 268 orang yang tersebar di dua pulau terpencil, sementara mereka pergi mencari air. Pencarian yang sia-sia ini, dengan cepat ditinggalkan, dan kelompok tersebut memutuskan untuk pergi ke kota Batavia (sekarang Jakarta) untuk mencari bantuan. Mereka membutuhkan 33 hari untuk sampai ke sana.
Setibanya di Jawa, panglima Kapal Batavia dieksekusi oleh dakwaan Komandan Pelsaert atas perilaku keterlaluan sebelum hilangnya kapal. Jacobsz ditangkap, sekali lagi atas tuduhan Pelsaert, karena kelalaian.
Gubernur Jenderal Coen mengirim Pelsaert tujuh hari kemudian di yacht bernama Sardam untuk menyelamatkan orang-orang dari kapal Batavia yang selamat. Dengan nasib buruk yang luar biasa, Pelsaert membutuhkan 63 hari untuk menemukan lokasi bangkai kapal, hampir dua kali lipat waktu yang dibutuhkan kapal untuk sampai ke Batavia.
