Tak lama setelah pembunuhan para jenderal pada dinihari 1 Oktober 1965, Supeni ditugasi Ketua Umum Partai Nasional Indonesia (PNI), Mr Sartono, untuk mencari anak-anak muda yang hilang mengikuti peristiwa itu. Sartono saat itu hampir setiap hari menerima pengaduan dari ibu-ibu yamg anaknya hilang, disiksa, atau dicederai. Ada yang lengannya disilet membentuk angka 30, menandakan G 30 S, dan seterusnya.

Supeni bolak-balik ke KODAM dan SKOGAR. Tindakan itu nampaknya tak disukai anak-anak muda yang tergabung dalam KAMI/KAPPI dan di bawah pengaruh PNI Osa Maliki-Usep Ranawijaya.

Setiap malam-anak-anak muda itu mengendarai sepeda motor bersuara berisik, monadar-mandir di depan rumah Jalan Sriwijaya II No 19 Kebayoran Baru Jakarta Selatan itu, tak jauh dari rumah Ibu Negara Fatmawati. Show Of force itu akhirnya berhenti setelah Supeni menemui Panglima KODAM, Umar Wirahadikusumah.

“Apakah saya terlibat G 30 S?”

“Tidak,” kata Umar.

Kaca pintu depan rumah Supeni kemudian dipasangi tulisan dari KODAM, “Jangan Diganggu”.

Ketika anak-anak muda itu malam-malam mau memulai show of force-nya, dua polisi yang diminta berjaga di pekarangan Supeni tinggal menunjuk pengumuman dari KODAM itu. Berhentilah demonstrasi pengganggu itu.

Masa-masa itulah detik-detik awal kehancuran PNI, partai yang ikut dibangun Soekarno tapi berbalik arah darinya pada awal-awal kejatuhan presiden pertama RI itu.

Soekarno pada 1965 itu sebenarnya sudah tak puas lagi pada PNI, karena marhaenisme yang diinginkannya tak dijalankan sebagian pimpinan PNI. Mereka yang tak menyetujui garis Soekarno itu disebutnya marhaenis gadungan.

Pada minggu pertama Agustus 1965, DPP PNI memecat beberapa tokoh partai yang tidak loyal pada garis politik partai, saat yang sama konfrontasi dengan Malaysia di seluruh Indonesia sedang memuncak. PNI demam di waktu yang keliru.

Supeni saat kejadian itu sedang di luar negeri, pulang-pulang melihat partai yang membuatnya kepincut saat masih gadis 14 tahun itu sudah terbelah dua.

Supeni langsung menemui Bapak Marhenis, Bung Karno, mengatakan bahwa perpecahan itu berbahaya bagi keutuhan bangsa dan negara.

-Itu teori siapa? Tanya Bung Karno mendengar kekhawatiran perpecahan nasional itu.

+Teori Bung Karno sendiri. Jawab Supeni.

-Apakah kau pro Hardi?

+Tidak!

-Apakah pro Ali?

+Tidak!

-Apa pro Wilopo?

+Tidak pro siapa-siapa, Bung Karno! Saya pro keutuhan PNI yang saya anggap soko guru bagi keutuhan bangsa dan negara. Kalau PNI tidak utuh kembali, bahaya, bahaya, bahayaaaa, Bung Karno!

Kelak Bung Karno menceritakan kejadian itu pada Menteri/Panglima Angkatan Kepolisian Sucipto Yudodiharjo: Supeni mengucapkan kata bahaya itu sambil menangis.

Supeni meminta Bung Karno memerintah Ketua Umum PNI Ali Sastroamijoyo menyelenggarakan kongres luar biasa. Bung Karno setuju lalu meminta Supeni mencegah Hardi membuat PNI tandingan.

Singkat cerita, ada upaya menyatukan PNI kembali. Namun hanya sekitar sebulan kemudian terjadilah peristiwa Gerakan 30 September itu. Segala upaya menyelengarakan kongres darurat terlambat sudah.

Negara yang sedang kacau memberi kesempatan para marhaenis gadungan itu membentuk PNI tandingan, yang populer dengan sebutan PNI Osa-Usep karena diketuai Osa dengan Sekjen Usep. Menurut Supeni, mereka ini sejak awal merancang supaya PNI terpecah dua.

Marhaenis ajaran Bung Karno sebagai asas PNI adalah ajaran kiri dalam arti progresif: Anti imperialisme dan kapitalisme, tapi bukan komunis. Bung Karno juga sudah melihat sejak awal asas ini bisa digunakan untuk memukulnya.

Sudah menjadi rahasia umum pada waktu itu, ketidaksenangan negara-negara Barat, terutama Amerika Serikat pada Bung Karno. Pemimpin Besar Revolusi itu juga berkali-kali mensinyalir adanya kegiatan–kegiatan subversi nekolim yang ingin menjatuhkannya.

Dan sudah tentu untuk menjatuhkan Soekarno, pertama-tama yang harus dihancurkan adalah kekuatan-kekuatan pendukungnya. Kekuatan massa yang mendukung Bung karno yang paling pokok adalah PNI, maka PNI harus dipukul dulu.

PNI sempat menyelenggarakan Rapat Badan Pekerja Kongres di Yogyakarta pada 21-23 Desember 1965. Mr Sartono dan Mr Iskaq ditunjuk mengatur penyelengarakan kongres pemersatu itu. Namun pada Kongres di Bandung pada 24-28 April 1966, anggota DPP PNI yang hadir hanya Ali, Dr. Moh Isa, dan Supeni. Di pihak Osa-Usep lengkap dan memenuhi arena kongres.