Pada awalnya gagasan Paskibraka lahir pada tahun 1946, pada saat ibu kota Indonesia dipindahkan ke Yogyakarta. Pada peringatan HUT Proklamasi Kemerdekaan RI yang ke-1, Presiden Soekarno memerintahkan salah satu ajudannya, Mayor (Laut) Husein Mutahar, untuk menyiapkan pengibaran bendera pusaka di halaman Istana Gedung Agung Yogyakarta. Pada saat itu terlintas gagasan Mutahar bahwa sebaiknya pengibaran bendera pusaka dilakukan oleh para pemuda dari seluruh penjuru Tanah Air, karena mereka adalah generasi penerus bangsa . Namun karena gagasan itu tidak mungkin terlaksana, Mutahar pun hanya bisa menghadirkan lima orang pemuda (3 putra dan 2 putri) dari berbagai daerah yang kebetulan sedang berada di Yogyakarta.
Lima orang tersebut melambangkan Pancasila. Sejak itu, sampai tahun 1949, pengibaran bendera di Yogyakarta terus dilaksanakan dengan cara yang sama. Ketika Ibu kota dikembalikan ke Jakarta pada tahun 1950, Mutahar tidak lagi menangani pengibaran bendera pusaka. Karena dilaksanakan oleh Rumah Tangga Kepresidenan di Istana sampai tahun 1966. Selama periode itu, para pengibar bendera diambil dari para pelajar dan mahasiswa yang ada di Jakarta.